В Киото имеется большой выбор высококлассных отелей, стандартных гостиниц, традиционных японских гостиниц, хостелов. Отели находятся по всему городу, но основная концентрация их в области вокзала Киото и в центре - около станции Карасума Оикэ. Вместе с тем в течение пиковых туристических сезонов (цветение сакуры в апреле, Золотая Неделя в конце апреля - начале мая) часто бывает сложно найти жильё. В подобных случаях многие туристы выбирают проживание в Осака, который находится в тридцатиминутной поездке на скоростном поезде от Киото. Поскольку Киото считается главным туристическим центром, цены на проживание в центральных отелях могут показаться высокими.  

Как правило, бюджетные гостиницы находятся не в центре города. Самое дешевое проживание - в хостелах, а также на территории храмов в стиле сукубо (проживание при храме). Гостей в сукубо часто приглашают поучаствовать в утреннем богослужении (оцутомэ), проводимом в храме. Но следует заметить, что большая часть храмового жилья не ориентирована на иностранцев, изъясняться придется на японском языке, кроме того существует комендантский час, точное время регистрации и вообще в сукубо достаточно строгие правила. Большинство вариантов проживания при храме можно найти в северной части города.

Сюнко-ин - храм, в составе храмового комплекса Мёсин-дзи (на северо-западе Киото). Пять простых номеров сукубо оснащены стандартными удобствами, включая бесплатный доступ в интернет (Wi-Fi). Питание в общей столовой. Спокойное, тихое место. Существует возможность принять участие в дзэн-медитации (несколько медитаций в день), а также в экскурсии по храмовому комплексу. Сюнко-ин, пожалуй, лучшее предложение в категории сукубо. Храм действительно становится с каждым сезоном все популярнее, особенно в период цветения сакуры и осенью - во время момидзигари. Не все номера имеют отдельные ванные комнаты!

Хостелы весьма распространены и они очень популярны среди путешествующей молодежи. Недорогие гостиницы в Киото, как впрочем, и на территории всей Японии, имеют ряд недостатков в том, что касается стандартных удобств, но они компенсируются за счет действительно низких цен на проживание.

Многие рёкан в Киото - фактически минсуку (бюджетная версия рёкан). Иначе говоря, общее впечатление минсуку производит такое же, как и рёкан, но еда здесь проще (обычно двухразовое питание), столовая и ванные комнаты являются общими. Почти все традиционные гостиницы управляются семейным бизнесом. Хозяева имеют хороший опыт обслуживания иностранных туристов, но нужно быть готовым заплатить за свое проживание полную сумму заранее.

Среди роскошных рёкан, в которых максимально сохранена традиционная атмосфера (до мельчайших деталей), а хозяева балуют своих гостей как царственных особ, самым прекрасным считается Хиирагая Рёкан. Изящный рёкан, построенный полностью из древесины, располагает красивым декоративным садом, чрезвычайно удобными комнатами, кипарисовыми ваннами. Еда, как и положено в рёкан-люкс, в стиле кайсэки. Хиирагая Рёкан открылся в 1818 году и на протяжении всего времени управляется членами одной семьей (сегодня шестым поколением). Изначально он являлся гостиницей для высокопоставленных самураев. А в двадцатом веке его хлопчатобумажные матрасы «приветствовали» Чарли Чаплина и Элизабет Тейлор. Проживание в традиционной гостинице - удовольствие не из дешевых, не говоря уже о роскошных рёкан. Цена в Хиирагая Рёкан за ночь с человека, включая завтрак и обед, от 30 000 йен до 90 000 йен.

Hyatt Regency Kyoto - это современное лицо Киото - дизайнерский отель, расположенный в историческом сердце города - районе Хигасияма. Над дизайном интерьеров 189 номеров и апартаментов работали ведущие японские декораторы. Интерьеры в модном акцентированы традиционными японскими элементами дизайна (например, светильники из васи, обивка стен   тканями для кимоно). В номерах все удобства, какие можно ожидать в отелях класса люкс. Рестораны Hyatt Regency Kyoto, японской, французской и итальянской кухонь, имеют высокий рейтинг. Прекрасно и месторасположение отеля. В спокойной части восточного Киото, но вместе с тем в легкой досягаемости от вокзала Киото, популярной улицы среди туристов - Сидзё-дори, квартала гейш Гион и других достопримечательностей Киото.

Hotel Mume - бутик-отель - размещен в четырехэтажном здании, которое очень похоже на обычный современный жилой дом, недалеко от квартала Гион. Но внутри гостей ожидает поистине волшебная атмосфера. Дизайн интерьеров семи номеров разработан в соответствие с традиционной концепцией, вдохновленной природой, - «ка-тё-фу-гэцу» (цветок-бабочка-ветер-луна). Апартаменты «Ветер» яркие, просторные, акцентированные азиатскими мотивами. Апартаменты «Бабочка» определяются черными стенами и старинной китайской обстановкой ярко-красного цвета. Апартаменты «Луна» демонстрируют декорации золотых цветов и отделку из темной древесины. Апартаменты «Цветок» - единственные в своем роде. Спальня отделена от гостиной изящной бамбуковой ширмой. Над  широкой кроватью панель -«караками» с изображением цветущей сакуры. Во всех номерах антикварная мебель, также комнаты украшены бумагой «караками», приобретенной в магазине «Каратё», старейшем и единственном в Киото, предлагающим подлинную бумагу караками. 

Toyoko Inn - крупнейший бюджетный бизнес-отель (в Киото четыре отеля этой сети). Простой, чистый, удобный, со всеми стандартными удобствами и недорогой. Может оказаться шумным местом, поэтому гости часто получают скидки за проживание (из-за беспокоящего их шума). Расположен в 15 минутах от квартала Гион. В отеле организовано питание для постояльцев в стиле легкий «буфет» - кофе, рисовые шарики, соленья, суп мисо.