Малабо до 1973 носил название Санта-Исабель ( Sаnta Isabel) -порт в заливе Биафра,являющийся частью Гвинейского залива. Малабо расположен на острове Масиас-Нгема-Бийого (старое название — Фернандо-По) у подножия вулканической горы Санта-Изабель. Климат на этом острове экваториальный и очень влажный. В городе и окрестностях за год выпадает примерно 2000 мм осадков. Сезон дождей длится с июля по январь, а относительно сухо с мая по сентябрь и в декабре-январе. В окрестностях города- вечнозеленые влажные тропические леса, в которых водится множество обезьян, змей, птиц, бегемотов и других животных.